Trang: 151
Tập 34, số 7 2024 Phụ bản
Xây dựng và áp dụng công nghệ ONT trong giải trình tự toàn bộ hệ gen vi rút Dengue
Developing a protocol for whole-genome sequencing of the dengue virus using specific primers on the oxford nanopore technology sequencing
Tác giả: Vũ Phạm Hồng Nhung, Đào Huy Mạnh, Lê Minh Hiếu, Hoàng Thị Như Đào, Huỳnh
Phương Thảo, Phạm Thị Thu Hằng, Nguyễn Minh Thi, Vũ Phạm Hồng Châu, Nguyễn
Thanh Vũ, Nguyễn Vũ Trung, Cao Minh Thắng
Tóm tắt:
Hiện nay, công nghệ giải trình tự thế hệ mới đã có những bước tiến vượt bậc, trở thành công cụ quan
trọng trong nghiên cứu y sinh. Giải trình tự thế hệ thứ 3 ứng dụng công nghệ Oxford Nanopore (ONT) với
ưu điểm giải trình tự đoạn dài, chi phí thấp, và có thể thực hiện nghiên cứu ngay tại chỗ, đặc biệt ở những
khu vực có nguồn lực hạn chế đã mở ra nhiều cơ hội mới trong nghiên cứu và giám sát bệnh mới nổi và tái
nổi, đặc biệt là vi rút Dengue (DENV). Viện Pasteur TP. HCM đã tích lũy được nhiều kinh nghiệm và thành
công trong việc xây dựng và áp dụng giải trình tự ONT để giám sát dữ liệu SARS-CoV-2. Dựa trên những
thành tựu đó, chúng tôi triển khai nghiên cứu xây dựng quy trình giải trình tự toàn bộ hệ gen DENV bằng
mồi đặc hiệu, sử dụng công nghệ ONT. Quy trình bao gồm các bước thiết kế mồi, tách chiết RNA, chuẩn
bị thư viện, giải trình tự trên thiết bị MinION Mk1C và phân tích kết quả bằng các phần mềm tin sinh học.
Quy trình đã được đánh giá sơ bộ và kết quả bước đầu cho thấy trình tự của 16 mẫu nghiên cứu có độ phủ
ngang từ 79% đến 99% hệ gen DENV với độ phủ sâu từ 59X đến 28295X.
Summary:
Currently, next - generation sequencing
technology has made significant advancements,
becoming an essential tool in biomedical
research. Third - generation sequencing,
specifically Oxford Nanopore (ONT), offers
advantages such as long reads, and low cost.
It enables on - site research, especially in
resource - limited areas, and has opened new
opportunities for the study and surveillance of
emerging and re-emerging diseases, particularly
the Dengue virus (DENV). The Pasteur
Institute in Ho Chi Minh City has accumulated
extensive experience and success in developing
and applying Oxford Nanopore sequencing
for SARS-CoV-2 genetic surveillance
during the COVID-19 pandemic. Building
on these achievements, we were conducted research to establish a sequencing protocol
for the complete genome of the DENV using
specific primers on the Nanopore platform.
The protocol included the following steps as
designing and synthesizing specific primers,
extracting RNA from 14 serum samples and 2
supernatants, confirming positivity using the
Fourplex Realtime RT-PCR method, libraries
preparation, whole genome sequencing on the
Mk1C device, and bioinformatic analysis. The
study results demonstrated that all 16 samples
achieved breadth of coverage ranging from
79% to 99% of the Dengue virus genome, with
a depth of coverage between 59X and 28295X.
Từ khóa:
Giải trình tự thế hệ mới, nền tảng giải trình tự nanopore, vi rút Dengue
Keywords:
Next generation sequencing, Nanopore sequencing platform, Dengue virus
DOI: https://doi.org/10.51403/0868-2836/2024/2021
File nội dung:
o2407151.pdf
Tải file:
